根据不同诊疗方式及用途，对探头消毒方法及要求亦不同。超声机探头必须一人一用一消毒。
经体表超声检查：一般接触皮肤的探头必要时使用一次性保护性手套或专用探头套以防交叉感染。疑肝病、性病等疾病，检查完除规范处置探头外保护套外，应在水龙头下（探头面向下，电缆接线在上，避免进水）以软绒沾肥皂水擦拭和冲洗多次。病人之间B超探头使用柔软的布或纸擦拭，保持清洁；探头接触部位皮肤有破损、局部有皮肤病变、为传染病患者检查后的探头用75%酒精棉球擦拭消毒。
经体腔超声检查：经食管、阴道、直肠等超声检查，每次使用前必须先用消毒纸巾将整个探头全面擦拭消毒，再加套质量可靠的消毒隔离套，用后丢入专用污物桶中，操作者戴无菌手套; 在使用过程中如发生外套破裂、脱落，要立即用75%酒精消毒擦拭探头2遍，肥皂水轻擦3min及流水冲洗2min，吸干后，再加套使用，直肠、阴道等腔内探头所用耦合剂必须经灭菌处理。
开放性伤口、皮肤病或皮肤感染性疾病：操作者戴无菌手套，使用消毒型医用超声耦合剂或消毒凝胶消毒探头，检查完毕应对探头进行有效的清洁和消毒。
介入性检查治疗：探头表面用消毒型医用超声耦合剂消毒后，套无菌膜。
手术中超声探查：超声探头应在手术使用前进行灭菌处置。可采用过氧化氢低温等离子灭菌或环氧乙烷气体灭菌，使用时探头表面套无菌膜。每天检查结束，应对超声探头等器具进行彻底清洁、消毒处理，干燥保存。
超声探头使用后处理流程：
1、预处理
每次使用结束后，立即丢弃探头上的安全套。用纸巾擦拭探头上的耦合剂，再将探头从超声波控制台上断开
2、冲洗
用流动水冲洗探头上所有的残留物，如果残留物有干结，则需要延长冲洗时间，或辅以纱布轻轻擦洗。冲洗范围仅限探头前段15cm处，其余部分采用擦拭清洁。
3、干燥
将彻底冲洗干净的探头表面用纸巾擦干。
4、消毒
梅毒、尖锐湿疣、HIV/AIDS病人使用后的探头使用2%戊二醛浸泡消毒，作用时间30min后用无菌水冲洗；普通病人使用后的探头使用季铵盐类消毒剂喷洒消毒。
5、灭菌
超声探头应在手术使用前进行灭菌处置，2% 戊二醛泡10h,或采用过氧化氢低温等离子灭菌或环氧乙烷气体灭菌。
6、漂洗
用纯化水漂洗干净探头上残留的消毒液。
7、储存备用
用纸巾擦干探头，检查各部件有无损伤，放入专用储存柜备用。

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